Генетическое тестирование
В России для лечения каждого вида злокачественной опухоли существуют клинические рекомендации и стандарты. Но не всегда они оказываются эффективными.
Большее понимание биологии опухоли посредством расширенного молекулярно-генетического исследования дает возможность индивидуально подобрать пациенту высокоэффективное лечение.
ПАК Максим Бокманович
к.м.н., врач-онколог Клинического Госпиталя «Лапино»
Что такое комплексное генетическое тестирование?
Это набор мероприятий, когда изучают послеоперационный материал пациента или исследуют образец крови на наличие мутаций во множестве генов одновременно. Такое исследование называется комплексным геномным профилированием.
Что можно понять с его помощью? Это помогает понять биологию, то есть природу опухоли и подобрать пациенту максимально эффективное лечение.
Отчет по онкогенотесту приходит пациенту, который, конечно же, делится этим с врачом. К сожалению, на сегодняшний день в России не так много специалистов, которые могут понять, проанализировать этот отчет и назначить таргетную терапию.
Как изменилась диагностика онкологических заболеваний за последние десятилетия?
Мы видим целую эволюцию развития диагностических методов, как радиологических от рентгена до ПЭТ-КТ, так и молекулярных от ИГХ до секвенирования нового поколения (NGS), а также полногеномного и полноэкзомного секвенирования. Говоря о последних, пока мы не знаем примеров их применения в клинической практике.
За рубежом самая первая большая панель для NGS вышла в 2012 году. В России она появилась в 2019 году. Активно мы с ней работаем с 2020 года.О возможностях молекулярной диагностики знают не все доктора и далеко не все пациенты. Мы всячески стараемся популяризировать этот вид молекулярно-генетического исследования, говоря о том, что это хороший инструмент для назначения высокоэффективного лечения, а иногда незаменимый.
Генетические тесты опухоли
Какие бывают?
— Точечный (single test)
для определения одной, конкретной мутации методом ПЦР, FISH, методом Сэнгера.
— Комплексное геномное профилирование
для определения одновременно множества мутаций в различных генах методом NGS
Зачем нужно комплексное геномное профилирование?
Используется для выявления молекулярно-генетических и биологических особенностей опухоли:
— выявляет в генах многие виды мутаций и сигнатуры такие, как мутационная нагрузка в опухоли (ТМВ) и микросателлитная нестабильность (MS-1)
— даёт большее представление о биологии опухоли
Позволяет определить
— эффективность лекарственных препаратов
— прогноз течения заболевания
— наследственную предрасположенность
Помогает назначить максимально эффективное лечение:
— химиотерапию
— иммунотерапию
— таргетную терапию
— клинические испытания
Важно!
Комплексное геномное профилирование на основе NGS входит в Европейские и Американские клинические рекомендации для некоторых нозологий.
Кому назначают онкогенотест и на каких этапах?
Совершенно точно мы назначаем это исследование, когда у пациента исчерпаны все возможности стандартной лекарственной терапии. Если пациент с неоперабельным опухолевым процессом, рецидивом или с метастазами прошел все этапы стандартного лекарственного лечения, он оказывается в ситуации, когда можно использовать только два варианта. Первый — это участие в клинических испытаниях новых лекарственных препаратов. Вторым вариантом может быть проведение комплексного геномного профилирования с целью поиска значимых мутаций и попытки индивидуального подбора иммунотаргетной терапии.
Также это исследование можно проводить при орфанных заболеваниях, редких, высокозлокачественных агрессивных опухолях, например, при анапластическом раке щитовидной железы. Несмотря на то, что мы можем выполнить этому пациенту радикальную операцию, мы знаем, как эта опухоль быстро прогрессирует. Поэтому сразу после операции можно предложить пациенту тестирование для того, чтобы потом не тратить на это время.
Этот вид рака очень агрессивный: смертность на первом году болезни составляет практически 100%. Как только рак щитовидной железы начинает уходить в более низкую дифференцировку (становится более агрессивным), в этот момент мы рекомендуем делать комплексное геномное профилирование для того, чтобы понять, какие мишени в опухоли есть, к примеру, BRAF-мутации. Таким образом, можно назначить такому больному комбинированную таргетную терапию BRAF и MEK-ингибиторами. В нашей клинической практике такие пациенты есть, и они пережили рубеж 12 месяцев. Выявление этих мутаций помогает нам точечно подобрать высокоэффективную терапию, и у больных появляется шанс, которого не было 10 лет назад.
Или, например, возьмем железистый рак головы и шеи. Это злокачественное новообразование больших и малых слюнных желез или слезной железы. До какого-то времени это была очень проблемная группа пациентов именно с точки зрения лекарственного лечения. На первом этапе они получают стандартное лечение: хирургию с лучевой терапией или без нее. Но как только наступает рецидив, пациент стал неоперабельным или у него появились метастазы, он входит в группу кандидатов на лекарственную терапию.
Почему это сложные пациенты? Потому что эффективность стандартной химиотерапии в этом случае не выше 20%. К примеру, Паклитаксел + Карбоплатин — эта схема ХТ является низкоэффективной. Если пациент получил по ней лечение, но не получил от него должного эффекта, найти что-то более эффективное очень сложно. Мы уже полтора года работаем с такими пациентами и видим здесь определенные преимущества при выполнении комплексного геномного профилирования. Оно позволяет назначить им off-label терапию — терапию не по показаниям.
Что дает назначение off-label терапии? Именно четко подобранное конкретно для этого пациента лечение на основе выявленных молекулярных мишеней. Прежде всего, это нужно метастатическим или неоперабельным, рецидивирующим пациентам, которые прошли стандартные курсы лечения. Если пациент прошел все варианты лечения, а болезнь прогрессирует, то, конечно, ему показано комплексное геномное профилирование CGP/NGS для того, чтобы врач лучше понимал биологию опухоли и назначал персонализированное лечение.
Важно понимать, что при назначении терапии off-label каждого пациента необходимо обсуждать на междисциплинарном консилиуме с участием специалистов в области молекулярной онкологии, генетиков, медицинских онкологов. В нашей клинической практике каждый пациент обсуждается совместно с профессорами Имянитовым Евгением Наумовичем, Мудуновым Али Мурадовичем. Сегодня это ведущие эксперты в этой области с огромным багажом знаний из своей реальной клинической практики.
Какие генетические тесты можно пройти и сколько они стоят?
Если говорить о больших панелях, я в своей практике использую только две панели, которые выполняются методом NGS. Одна из них — панель Foundation компании Foundation Medicine. Производит эту панель компания Roche. Это единственная лаборатория в мире, которая получила одобрение в FDA, Food and Drug Administration. Таких лабораторий всего две: одна находится в Германии, а вторая — в Северной Америке. Исследование включает в себя три разных панели.
Вторая панель, с которой мы работаем, российской компании Genetico. Панель называется Onconetix 48 и включает 48 генов. Это много по сравнению с определением точечных мутаций и не так много по сравнению с 324 генами. Конечно, более 400 генов дают нам более широкое понимание о биологии опухоли.
Как проходит исследование?
Пациент обязательно подписывает информированное согласие и согласие на обработку персональных данных (в двух экземплярах). Затем предоставляет парафиновые блоки с образцами опухоли после последней операции или биопсии и готовые предметные стекла к этим блокам. Конечно, нужен анамнез больного: как болел, чем болел, когда заболел, как лечили и так далее. Эти материалы отправляются в лабораторию либо в России, либо в Германию на исследование. Оно занимает 2-3 недели, после чего мы получаем отчет о наличии каких-либо мутаций. Если мы говорим о панели Foundation One Liquid, в этом случае можно отправить на исследование образцы периферической крови.
Какие панели можно сделать для разных нозологий?
Сегодня мы не ставим вопрос таким образом, так как это платная процедура. В настоящее время она не входит в ОМС, если мы говорим о NGS. С 2020 года процедура вошла в клинические рекомендации ESMO, Европейского общества специалистов-онкологов. Там ее применяют в рутинной практике при немелкоклеточном раке легкого, холангиокарциноме, карциноме, раке простаты, раке яичников. То есть в Европе метод NGS уже вошел в клинические рекомендации. Для нашей страны это вопрос времени. Мы надеемся, что это случится уже на следующий год. Вначале это должно войти в клинические рекомендации, а далее, мы надеемся, в рамки ОМС.
Если пациент может оплатить большую панель, то, конечно, лучше делать ее, потому что она более информативная. По определению это так, потому что в одной 324 гена, а в другой 48. Какие минусы и плюсы у той и другой панели? Во-первых, большой плюс — это стоимость российской панели. Также все эти 48 генов имеют под собой таргетные препараты. В Foundation мы понимаем, что у нас очень много генов, но при этом большинство мутаций в генах могут не иметь никаких лекарственных препаратов. У пациента могут быть мутации в этих генах, но при этом нет возможности назначить ему лечение. Минусом российской панели является и то, что там нет таких сигнатур, как мутационная нагрузка (TMB) и микросателлитная нестабильность (MS-I). Также они не делают PD-L1-экспрессию. Это все есть у большой панели FMI.
В Foundation мы получаем отчет, в котором говорится о наличии значимых мутаций. Если для них на сегодняшний день нет лекарственных препаратов, то указывается, какие клинические испытания идут во всем мире, с какими препаратами при конкретной мутации. До пандемии коронавируса наши пациенты принимали участие в различных клинических исследованиях по всему миру. Сегодня просто попасть за границу из-за пандемии очень сложно, поэтому, наверное, пока это неактуально до того, как не будут послабления в этом вопросе.
Алгоритм проведения онкогенотеста
— Согласие
Подписание информированного согласия и согласия на обработку персональных данных
— Сбор
Сбор анамнеза пациента
— Передача
Передача парафиновых блоков/ стекол с материалом после биопсии/ операции
— Лаборатория
Исследование материалов в российской/ зарубежной лаборатории
— Отчёт
Выдача готового отчёта
Какие виды рака можно прогнозировать с помощью онкотеста?
Начнем с того, что есть наследственные (герминальные) мутации, а есть соматические (спорадические). Наследственные мутации передаются по наследству. Соматические мутации появляются у человека в течение жизни, под действием разных внешних или внутренних факторов.
Мы можем прогнозировать возникновение рака опираясь на герминальные мутации. На сегодняшний день есть целая панель для поиска герминальных мутаций. Например, если у пациентки есть BRCA1/2 или CHEK1/2 мутации, мы можем предположить, что у нее возникнет рак молочной железы. Так бывает в очень большом проценте случаев, поэтому этим пациенткам сейчас выполняется профилактическая двусторонняя мастэктомия с целью профилактики рака молочных желез. А вот на основе соматических мутаций мы, наверное, никаких заболеваний предсказать не сможем.
Но можно говорить о поиске соматических мутаций. Есть мутации, которые вызывают рак (драйверные мутации), а есть мутации, которые появляются вследствие того, что у пациента есть злокачественный процесс. Но, так или иначе, онкотест дает возможность назначения эффективной лекарственной терапии.
Есть ли специфика проведения онкотеста при разных опухолях?
Наша область — опухоли головы и шеи, это большая группа злокачественных новообразований. Мы проводим тест при раке щитовидной железы, при железистом раке (это рак больших и малых слюнных желез, слезной железы), различных саркомах и меланоме. Также мы можем делать это при плоскоклеточном раке головы и шеи, но там мы не ожидаем разнообразия наличия мутаций в разных генах. Там мы ожидаем только 2-3 значимые мутации. Это, прежде всего, TP53 и мутация в гене НRAS. На сегодняшний день уже идут клинические испытания в США с новыми лекарственными препаратами. Мы надеемся, что у наших пациентов в скором времени будет возможность получать эти препараты.
Может ли исследование быть безрезультатным?
Да, конечно. Это может быть как в той, так и в другой панели. Однако что касается теста Foundation, здесь есть три разных варианта.
Что из себя представляет отчет Foundation? Это отчет на русском и английском языке из большого количества страниц. Мы сразу же получаем отчет о двух сигнатурах — это микросателлитная нестабильность и мутационная нагрузка. Отдельным файлом мы получаем отчет о PD-L1 экспрессии. В самом начале мы получаем информацию о наличии тех мутаций, которые являются значимыми. Что это значит? Эти мутации имеют таргетный или иммунный препарат, зарегистрированный в мире на сегодняшний день, но неизвестно, зарегистрированный в России или нет. Также это могут быть мутации, от которых в настоящее время нет лекарственных препаратов, но в мире идут клинические исследования и написано, какие клинические исследования, где они проходят, в каких центрах и так далее.
Вторая категория мутаций, которые тоже могут быть описаны, это генные альтерации без отчета об их терапевтической или клинической значимости или каких-либо исследованиях. Мы можем встретить эти мутации в литературе. Где-то были, возможно, проведены работы и эти мутации описаны, что они могут быть, но мы можем только предположить, какие препараты могут работать, а точного ответа по этим конкретным мутациям в мире нет.
Третья категория — те мутации, которые есть среди 400 генов, но их значимость на сегодняшний день не изучена и непонятна.
Таким образом, мы получаем развернутый ответ, некую аналитику данных, что можно использовать и за что можно зацепиться в назначении более прогрессивного и — самое главное — эффективного лечения.
Комплексный генотест опухоли:
что важно знать
Пациенту не требуется подготовки к тестированию
Исследуется образец опухоли после удаления/биопсии или крови пациента
Когда выполнять
1) До выбора схемы лечения
— актуально для всех
2) В процессе лечения при негативном сценарии
— прогрессирование
— рецидив
— редкое заболевание
— неэффективность стандартных схем терапии
Целесообразно выполнять
1) Пациентам с распространенными стадиями заболевания (lll, lV)
2) При рецидиве заболевания
3) При наличии отдаленных метастазов
4) При агрессивном течении болезни:
— прогрессии на фоне проводимого лечения;
— развития вторых опухолей;
— отягощенном семейном анамнезе.
Какие преимущества даёт
— понять особенности опухоли
— найти дополнительные опции лечения, если исчерпана стандартная схема
— подобрать клинические испытания, где пациент может получить современное лечение
— определить наследственные формы мутаций
— помочь врачу разработать стратегию лечения конкретного пациента
Важно!
Выполнение комплексного генотеста повышает выживаемость пациента.
Почему врачу важны сведения о биологических особенностях опухоли пациента?
Сегодня мы понимаем, что лечение пациента и продолжительность жизни больных — это первостепенные задачи. Как на сегодняшний день регистрируются лекарственные препараты? Есть какое-то лекарство, проводятся клинические исследования при конкретной патологии, например, раке яичников или раке предстательной железы. Этот препарат регистрируется конкретно для этого заболевания.
Когда появилось секвенирование нового поколения, стало возможным определить, бывает ли та же самая BRCA-мутация при раке головы и шеи. К примеру, у пациента с раком слезной железы есть BRCA-мутация, которая бывает при раке молочной железы и яичников. В настоящее время пациент получил шесть курсов химиотерапии, как при раке молочной железы, и получает PARP-ингибитор. У другого пациента при раке головы и шеи есть мутация в гене NF-1, которая бывает, например, при нейрофиброматозе. Соответственно, пациент получает МЕК-ингибиторы. У третьего пациента тоже при раке головы и шеи есть мутация в гене KRAS, которая бывает, например, при раке толстой кишки. Этот пациент получает МЕК-ингибитор, лечение не по показаниям. У этого препарата нет показаний для его применения при раке головы и шеи, поэтому такая терапия называется off-label, то есть расширение возможностей, поэтому для врача-онколога очень важно понимание биологии опухоли.
На сегодняшний день в нашей практике более 30 пациентов, которые получают терапию off-label. Off-label — это терапия не по показаниям, потому что показаний в России для лечения этой болезни не существует. Все это делается для того, чтобы подобрать пациенту высокоэффективную терапию. Это называется персонализированной медициной. Мы шагнули в эту эру.
В самом начале мы хотели, чтобы было одно лекарство для всех, а сегодня мы говорим, что у всех пациентов должна быть подобрана индивидуальная терапия. Инструмент для подбора этой индивидуальной терапии — это и есть NGS. Само по себе исследование NGS — это просто инструмент для достижения цели. Невозможно пациенту превентивно назначать дорогостоящее лекарство. Это будет неоправданно. Два этих понятия, как продвинутая молекулярная диагностика и комплексное геномное профилирование, не могут существовать без такого большого количества иммунотаргетных препаратов, которые есть на сегодняшний день. Это направление будет развиваться с каждым годом, потому что выходит все больше и больше препаратов от различных мутаций, которые раньше были не изучены.